Canan Ergüder tiyatro eğitimine öncelikle Amerika'da Franklin and Marshall College'da başlayıp, daha sonra The New School University Actors Studio Drama Program'da yüksek lisans derecesiyle devam etti. Ayrica LAMDA'da (London Academy of Music and Dramatic Arts) Shakespeare Atölyesine katıldı. Elia Kazan, Cheryl Crawford ve Robert Lewis'in kurmuş olduğu Actors Studio'nun hayat boyu üyeliğini 2003'te kazanıp Ellen Burstyn, Carlin Glynn, Lee Grant, Elaine Stritch ve David Marguelis gibi isimlerle çalışma fırsatına sahip oldu.
Actors Studio ve Baryshnikov Foundation aracılığı ile Workcenter di Jerzy Grotowski & Thomas Richards'dan Mario Biagini'nin oyunculuk atölyesinde çalışmak için seçildi. 2007 International Hoboken Film Festival'inde Shooting Johnson Roebling adlı uzun metraj filmde canlandırdığı Nancy için En İyi Yardımcı Kadın Oyuncu ödülünü aldı.
Oynamış olduğu bazı oyunlar Bayrak, Bomba, Fırtına, Nehir ve Hipokrat’tır. 2007'de Türkiye'de Bıçak Sırtı dizisiyle televizyon sektörüne adım atıp; akabinde Binbir Gece ve Behzat Ç: Bir Ankara Polisiyesi dizileriyle devam etti. 2009 Afife Jale Tiyatro ödüllerinde Bayrak adlı oyunda canlandırdığı Kadın rolüyle Yılın En Başarılı Yardımcı Kadın Oyuncu'su seçildi. 2010’dan bu yana Will, Behzat Ç.: Seni Kalbime Gömdüm, Russel Crowe’ un yönettiği The Water Diviner, Hiner Saleem’in yönettiği Tight Dress ve Semir Aslanyürek’in yönettiği Kaos adlı filmlerde rol aldı.
2014-2016 yılları arasında Güllerin Savası dizisinde Gülfem Sipahi karakterini oynadı. 2019 yılında, fenomen dizi Behzat Ç: Bir Ankara Polisiyesi’nin dijital platformlarda yayınlanan 4. sezonunda tekrar Savcı Esra’yı canlandırdı. Son olarak, Netflix’in en sevilen dizilerinden olan Call My Agent’ın Türkiye uyarlaması Menajerimi Ara’da Feris Dikmen olarak boy gösterdi.